בעונתה השלישית המשיכה "שטיסל", הסדרה המצליחה על משפחה חרדית בירושלים, לעשות את מה שהיא עושה הכי טוב: הפיכת סיפור משפחתי קהילתי ומקומי למשל אוניברסלי על אהבה, משפחה, אמנות ויצירה. בדמותו של עקיבא, צייר ורומנטיקן, מחדדת "שטיסל" את העיסוק בנושא האמנות והאמנים כחריגים בחברה החרדית, אך גם כאלה שמייצגים את הלב הפועם שלה. בעונה הזאת יש חזרה גם לנושא המוזיקה שכיכב גם בעונות הקודמות. המוזיקה, כמו הציור, יכולה לחרוג מגבולות הקהילה החרדית, אך היא גם חלק ממנה. כך למשל, המוזיקה הקלאסית משחקת תפקיד בקירוב לבבות, ושירתו של אלתרמן היא "לשד החיים".
הסדרה, שלקחה הפסקה של לא פחות משש שנים בין העונה השנייה לנוכחית, ממשיכה לעקוב אחרי תהפוכות הגורל של משפחת שטיסל שבמרכזה האב שולם (דב גליקמן) והבן עקיבא (מיכאל אלוני), שממשיכים את מערכת היחסים הקרובה שלהם, הרצופה תקלות דרמטיות וקומיות אך מלאת אהבה. האב והבן חולקים אובדן ומנסים לבנות את עצמם מחדש, וסיפור ההתבגרות של שניהם עומד במרכז הסדרה. עקיבא מגדיר את עצמו כ"סדוק", ו"שטיסל" שואלת כיצד מתמודדים האנשים ה"סדוקים" בחברה שמרנית וסגורה? בעונתה השלישית נוגעת הסדרה שוב ברגישות בנושא מחלת נפש והתמודדות אתה. האם יוכל עקיבא להתמודד שוב עם המציאות הכואבת הזו?
סיפורם של גיטי (נטע ריסקין) וליפא (זהר שטראוס), העומדים בפני המשימה של מציאת כלה לבנם הלמדן יוסל'ה (גל הוד פישל) מאתגר שוב את נישואי השידוכים בחברה החרדית. גם בסיפור על חברתה של גיטי, שבעלה נוטש אותה, מוצגת אפשרות אחרת עבור גיטי: מה היה קורה לה לו היא הייתה נוהגת כמו חברתה כאשר ליפא נטש אותה? העיסוק בנושא הכפילות, ההחלפה, והבחירה מרכזי: לפני הדמויות מוצגות דרכים שונות, לעיתים דרך סיפור של דמות אחרת המהווה מראה לסיפור שלהן, לפעמים דרך "קומדיה של טעויות" בה הם פוגשים את האדם הלא נכון שאולי הוא דווקא הנכון עבורם. גם מוטיב התמורה מופיע בכמה קווי עלילה, כשבכל פעם נשאלת השאלה: איזה מחיר, כלכלי ונפשי, מוכנות הדמויות לשלם עבור מה שהן רוצות או חושבות שהן רוצות. התשובות לא תמיד ברורות. "שטיסל" מעמידה במוקד את ההתלבטות והשאלה.
בעונה הזו, מרחיבה "שטיסל" את הדיון במעמדן של הנשים בחברה החרדית ומציגה מודלים שונים של העצמה נשית. הנשים ב"שטיסל" הן חזקות ועומדות על דעתן. הן מנהלות את העניינים בעוד הגברים מוצגים לרוב כאבודים בים סוער: עקיבא הרומנטיקן והאמן, שולם האימפולסיבי המחפש מזור לבדידותו אך לא יודע איך ליצור קשר עם נשים חדשות בחייו, ליפא בעל הדמיונות שתמיד חולם על אקזיט" ונמשך לעולם החילוני, וצבי אריה המנסה לשמור על מעמדו כ"מלך" הבית מול אישה דומיננטית.